Вы можете загрузить их через интерфейс веб-сервиса jasperserver в виде скрипта и затем сохранить их где-нибудь. А затем удалите их на сервере.
Или вы можете просто сделать резервную копию базы данных jasperserver (которая содержит файлы pdf) и впоследствии удалить ее. Но тогда вам придется сделать восстановление, чтобы загрузить их позже ... и это может быть проблемой, если вы обновили версию jasperserver.
Вы можете даже запустить отдельный сервер Jasper из копии базы данных ...