Большинство JScript-решений, которые работают медленно, тесно взаимодействуют с DOM. В тот момент, когда вы выполняете редактирование DOM-уровня строка за строкой, в IE это займет много времени. Если вы строите HTML-код в строку, а затем сразу же помещаете его в DOM, он пойдет намного быстрее. (На последнем PDC было несколько демонстраций, показывающих именно это.)
Но мораль этой истории в том, что ваш стол довольно большой. Вы можете подумать об использовании REST, с разбивкой по страницам и сортировкой таблиц и некоторой логикой на стороне сервера. Я думаю, что это может быть намного быстрее и будет хорошо работать с JQuery. (И это все еще решение AJAX.) Это может даже сэкономить вам некоторую пропускную способность ...
Надеюсь, это поможет.