Была такая же проблема. Кажется, это было вызвано тем, что TortoiseSVN обновил формат рабочей копии Subversion до 1.7 (он попросил меня сделать это), в то время как IDEA, вероятно, может нормально работать только с 1.6 (поскольку это самый высокий номер версии, который предлагается мне, когда я проверяю новый проект) , Я использую IDEA 9.0.2 BTW.
Я решил эту проблему, извлекая проект (используя IDEA) в новую папку и не позволяя TortoiseSVN обновить версию рабочей копии. Если у вас есть какие-либо незафиксированные изменения в старой папке, вам, вероятно, придется сначала зафиксировать их с помощью TortoiseSVN, а затем выполнить обновление SVN для новой папки или вручную скопировать их в новый каталог.