Мой вопрос не так хорош, но мне любопытно узнать это.
Предположим, у меня есть 10 таблиц, и я использую Hibernate3, произойдет что-то неправильное, когда я буду использовать Annotation для 5 таблиц,и файлы HBM для 5 таблиц.
Ну, обычно Hibernate сначала обрабатывает ваши настройки аннотаций, а затем обрабатывает файлы hbm. Если возникает ситуация, когда параметр конфигурации объявляется с помощью аннотации, а затем повторно объявляется (возможно, с другим значением) через файлы hbm, значение из файла hbm заменит значение, объявленное с помощью аннотации. В противном случае непересекающиеся параметры конфигурации из аннотаций и файла hbm будут «объединены» вместе.
http://docs.jboss.org/hibernate/annotations/3.5/reference/en/html/ch01.html#setup-configuration
Вы можете отлично смешать их. На самом деле XML имеет приоритет над аннотациями, поэтому вы можете переопределять настройки в аннотациях с помощью XML. Иногда полезно.