Для вашей ситуации я вижу два возможных решения.Либо вы используете разные идентификаторы пакетов, либо вы можете заставить клиентов использовать определенный диапазон версий, вручную редактируя файл packages.config.
В packages.config вы можете установить ограничение версии :
<packages>
<package id="SomePackage" version="2.1.0" allowedVersions="[2,3)" />
</packages>
Это позволит клиенту получить последнюю версию 2.x, но никогда не обновится до версии 3.x.