Например, у меня есть репо, и одна подпапка пуста, потому что туда идет код из другого репо ...
Какую команду использовать, чтобы субмодуль был извлечен и добавлен во все места моего локального репо, где нужны субмодули?
git submodule update --init
или (если вы еще не клонировали хранилище)
git clone -i /path/to/parentRepo
посмотрите на
git submodule --help