Посмотрите на этот пост: codeigniter, разделяющий фронтенд и бэкэнд
Вчера я ответил на аналогичный вопрос о разделении кода фронтэнда и бэкэнда, но если вы посмотритекак я его там настроил, я отделил код приложения CodeIgniter от ресурсов сайта.
Это помогает в общей безопасности, потому что все файлы вашего приложения находятся вне корневого веб-каталога, что означает, что они могутк нему нельзя получить доступ напрямую через браузер.
Расширение битов ресурсов здесь:
/ application
/ - /admin
/ - - /config
/ - - /controllers
/ - - /models
/ - - /views
/ - /public
/ - - /config
/ - - /controllers
/ - - /models
/ - - /views
/ core
/ - /all the core stuff
/ public_html
/ - /admin
/ - - /assets
/ - - - /images
/ - - - /scripts
/ - - - /styles
/ - - index.php
/ - /assets
/ - - /images
/ - - /scripts
/ - - /styles
/ - index.php