Результат XML от этого URL не содержит никакой кодировки в своем заголовке xml.Вместо этого кодировка указана в заголовке Content-Type ответа http (ISO-8859-1).Очевидно, что даже если вы передаете URL-адрес в jdom, он не обрабатывает это правильно (он использует UTF-8, который используется по умолчанию для xml без кодировки).Вам нужно либо обработать ответ http самостоятельно (прочитать заголовок и передать правильную кодировку в jdom), либо использовать парсер, который может сделать это за вас (хотя я не знаю ни одного стандартного парсера xml, который это сделает).
Если бы вы использовали стандартные API xml, вы бы сделали что-то вроде:
HttpURLConnection = (HttpURLConnection)url.openConnection();
String encoding = ... // get encoding from http header
InputSource source = new InputSpource(url.openStream());
source.setEncoding(encoding);
DocumentBuilder db = ... // create doc builder
Document doc = db.parse(source);