Почему вы ожидаете, что результат преобразования Фурье будет идентичным после того, как вы отрежете часть одного из образцов?Я не уверен, что вы пытаетесь компенсировать, это ожидаемое поведение.
Если вы сравниваете два образца, чтобы увидеть, насколько они различаются по «сигнатуре», то вы, вероятно, хотите нормализовать результатваш DFT.Суммируйте все значения энергии в каждом бине частоты, а затем разделите значение в каждом бине на эту сумму, так что сумма всей энергии в результате равна 1. Позволяет сравнивать два разных образца яблоки-яблоки независимо от длины.
Обратите внимание, что это только один, возможно, слишком упрощенный способ нормализации ДПФ.Есть бесчисленное множество других.В зависимости от ваших входных данных и того, что вы планируете с ними делать, нормализация журнала может быть лучше, чем линейная.