AFAIK нет графического интерфейса, поддерживающего git-flow.Я разрабатываю в Eclipse, но использую сторонний GUI и CLI для git.Я тоже использую git-flow, на самом деле я использую свой собственный форк с исправлениями и улучшениями и использую его из CLI.Я использую графический интерфейс git для коммитов, так как некоторое время я использовал субмодули, а egit пока не поддерживает это, и я использую gitk для проверки своей истории.И затем я использую egit, когда быстро хочу изменить ветки и теги .or.
Вы можете добавить команды в git gui, возможно, что-то стоит проверить.