Создайте как массив 100x100xN (или сложите вместе, если это невозможно) и используйте np.median
с правильной осью, чтобы сделать это за один раз:
import numpy as np
a = np.random.rand(100,100)
b = np.random.rand(100,100)
c = np.random.rand(100,100)
d = np.dstack((a,b,c))
result = np.median(d,axis=2)