Не использовал CodeIgniter, но я думаю, что вы можете использовать что-то вроде этого -
$this->db->query('YOUR QUERY HERE');
http://codeigniter.com/user_guide/database/queries.html
А вот это пример скрипта -
CREATE USER 'user1'@'%'; -- specify new account - user name + host name
SET PASSWORD FOR 'user1'@'%' = PASSWORD ('pwd'); -- set password
GRANT SELECT ON TABLE db_name.table_name TO 'user1'@'%'; -- grant SELECT privilege