Если я понял, в чем ваша проблема, как насчет ПЕРВОГО копирования файлов в каталог решения, ТО после добавления ссылки на проект ...?
Похоже, вы жалуетесь, что VS не копирует все файлы из исходного проекта, на который есть ссылки, в новое решение, но именно так работает VS. Он не «клонирует» проект при добавлении его в решение - он всегда является только «ссылкой».