Алгоритмически говоря, вам не нужен временный файл:
1) прочитать содержимое файла, который нужно изменить
2) изменить содержимое (в виде строки, предполагая, что у вас есть содержимое в переменной с именем content), например: content = header + content
3) поиск в начале файла, каждый язык имеет метод поиска или эквивалент поиска
4) написать новый контент
5) обрезать файл до позиции, возвращаемой указателем файла
Там у вас это есть, временного файла нет. :)