Самый простой способ:
cat one two | sort -u > third
Но это, вероятно, не то, что вы хотите ...
Вы упомянули слияние в своем вопросе: что вы имеете в виду под этим? Если это не так просто, как я предполагал в моем коде выше, предоставьте примеры файлов и сообщите нам, чего вы хотите достичь.