Сразу после того, как я опубликовал свой вопрос, я пришел к следующему решению:
- Имитировать
<Files>
правила конфигурации сервера по умолчанию для файлов типа .ht
. - Разрешить им.
- Перенаправить их на 404.
Работает так:
<Files ~ "^\.ht">
Order Deny,Allow
Allow from all
Satisfy All
Redirect 404 /
</Files>