Если вы знакомы с R, вы можете посмотреть на knitr пакет . R2HTML основан на Sweave, который не вполне расширяем, а knitr полностью расширяем и поддерживает HTML естественным образом; см. минимальный пример с источником .
У вас есть много вариантов сохранения графики R (pdf, png, jpeg, ...); см. параметр dev (графическое устройство). Поэтому нет необходимости конвертировать PDF в другие растровые форматы на стороне R.
Вы сказали, что у вас также есть выход Ruby и C; Я не уверен, как вы собираетесь с ними справиться: вы хотите генерировать вывод динамически (грамотное программирование) или вставлять их вручную? В первом случае вы, вероятно, можете использовать функцию R system() для запуска внешних программ (например, вызов C для генерации PDF и вызов Perl для конвертации). Вы также можете определить knitr hooks для выполнения этих работ, но вам может понадобиться больше, чтобы узнать, как работают hooks в knitr.
Другой подход - преобразовать вывод PDF с помощью пакетного задания и изменить код HTML, например. замените <img src='foobar.pdf' /> на <img src='foobar.jpeg' /> в HTML после преобразования всех файлов PDF в JPEG. Это должно быть проще.