Если ваша СУБД поддерживает дайджесты, вы можете рассчитать дайджест каждой строки и присоединиться к дайджесту. Что-то вроде:
SELECT T1.*
FROM
(SELECT *, MD5(col1, col2,...) as digest
FROM Table1) T1,
(SELECT *, MD5(col1, col2,...) as digest
FROM Table2) T2
WHERE T1.digest = T2.digest
Я предполагаю, что две таблицы имеют одинаковые столбцы и типы столбцов.