Исходя из моего основного понимания этого, я считаю, что ваш подход хорош.
В любом случае, я бы отнесся к этому как к общей проблеме с базами данных, а не к EntityFramework; в сети должно быть много материала. Например, этот вопрос здесь может иметь некоторые полезные для вас вещи.
Надеюсь, это поможет!