Наличие единой базы данных лучше всего подходит для целостности данных, потому что тогда вы можете использовать внешние ключи. Вы не можете иметь эту встроенную целостность данных, если вы разделяете данные на несколько баз данных. Это не проблема, если ваши данные не связаны, но если они связаны, ваша единственная база данных может содержать данные, которые несовместимы с другой базой данных. В этом случае вам потребуется написать некоторый код, который будет регулярно проверять ваши базы данных на наличие противоречивых данных, чтобы вы могли обрабатывать их соответствующим образом.
Однако может потребоваться несколько баз данных, если вы хотите, чтобы ваш сайт / приложение было хорошо масштабируемым (например, масштабирование в Интернете). Например, вы можете разместить каждую базу данных на отдельном физическом сервере.