Что вы делаете, это используете ваш веб-сервер для просмотра иерархии файлов. Но вы хотите использовать ваш скрипт (index.php). Поэтому вместо создания ссылок, которые указывают на более глубокое место в вашей файловой системе, создайте ссылки, которые указывают на ваш index.php, но добавьте параметр, который сообщает сценарию (относительную) папку. Помните, что вам нужно убедиться, что только те файлы, которые вы действительно хотите сделать общедоступными, могут быть показаны (то есть, нет файлов выше вашей директории "entry").