Я думаю, вы могли бы попробовать это:
SELECT *, 'job' as origin
FROM job
WHERE status!=2
AND status!=3
UNION SELECT *, 'emp' as origin
FROM emp
WHERE status!=2
AND status!=3
ORDER BY (id/popularity) DESC
LIMIT {$from},$vpc
Это должно добавить поле с именем origin к вашим результатам, содержащее имя по вашему выбору для идентификации таблицы.