Я действительно могу порекомендовать Джули Лерман Programming Entity Framework . Она подробно рассказывает о простом Poco, DTO и Self Tracking Entities. Преимущества и недостатки описаны. Но, конечно, во многом зависит от требований приложения и личного вкуса.
Так что я не могу дать вам точный ответ, потому что вопрос для этого общий. Но чтение книги должно дать вам представление о возможных альтернативах и может помочь в принятии такого рода дизайнерских решений. Я работаю с Self Tracking Entities в сочетании с клиентами Business Access Layer, Serive Layer, WCF, Win / WPF. И расширение его в будущем наиболее вероятно с ASP.NET