Вам необходимо сохранить выбранную пользователем тему и установить свойство Page.StyleSheetTheme.
Профили .NET хорошо подойдут для описанного вами сценария. Создайте свойство UI Theme и установите страницу StyleSheetTheme или Theme. Управляйте темой через базовую страницу.
См. http://msdn.microsoft.com/en-us/library/2y3fs9xs.aspx для создания свойств профиля.
Пример свойства профиля:
<profile>
<properties>
<group name="UI">
<add name="Theme" type="System.String" defaultValue="DefaultThemeName" />
</group>
</properties>
</profile>
Доступ к собственности:
ProfileCommon profile = new ProfileCommon().GetProfile(HttpContext.Current.User.Identity.Name);
Page.StyleSheetTheme = profile.UI.Theme;
Наконец, используйте раскрывающийся список RadSkinManager, чтобы установить тему для профиля пользователя.