Исключите js и css с помощью RewriteCond
. Я думаю, что это должно сделать:
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_URI} ! \.(js|css)$ [NC]
RewriteRule ([^/]+) profile.php?username=$1 [L]
Если у вас есть изображения, добавьте их расширения
RewriteCond %{REQUEST_URI} ! \.(js|css|jpg|gif|ico|png|whatever)$ [NC]