Одним из решений является вызов кода js, который удаляет этот элемент после загрузки содержимого.
NSString *jsCommand = [NSString stringWithFormat:
@"var element = document.getElementById('%@'); element.parentElement.removeChild(element);",
@"id2",
];
[webView stringByEvaluatingJavaScriptFromString:jsCommand]