Для создания подмодуля:
$ cd MainProject
$ git submodule add git@bitbucket.com:me/apps.git apps
$ git commit -a -m "added a submodule"
$ git push
Теперь, чтобы клонировать новое:
$ git clone --recursive git@bitbucket.com:me/MainProject.git
Или, если он уже где-то клонирован, но до добавления подмодуля:
$ git submodule update --init
#Or without the --init to update the submodule
Имейте в виду, что при внесении изменений в подмодуль вы сначала хотите зафиксировать изменения в подмодуле, а затем зафиксировать изменения в основном репо, чтобы он его забрал. Подмодуль всегда заморожен при последнем коммите в главном репо.