Для начала вам нужно установить pydev , плагин Python для Eclipse.Потому что только с этим PYTHONPATH становится управляемым.Затем вам нужно перейти в Настройки-> Pydev-> Python Interpreter и выбрать используемый вами интерпретатор Python (и он использует правильный путь для поиска всех других модулей EPD).
Итак, если, например, выиспользуется новейшая версия Enthought 7.2, тогда ваш интерпретатор Python для этого будет находиться в: /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.2/bin
Там вы выбираете исполняемый файл Python, и плагин Pydev будетзатем проанализируйте все пути, чтобы они были известны, включая автоматическое завершение.