Хотя мне обычно не нравится идея добавления exe в систему управления версиями, я бы предложил, чтобы система управления исходными кодами содержала все, что требуется для открытия, сборки и выполнения проекта.
В этом случае кажется, что папка .nuget является обязательной зависимостью. Поэтому он должен быть под контролем источника.
Единственный оставшийся вопрос, который вам нужно исследовать, это то, как NuGet будет реагировать, если эта папка помечена только для чтения, что будет делать TFS после ее регистрации.
Обновление:
Я провел немного больше исследований по этому вопросу, поскольку никогда раньше не использовал NuGet. http://blog.davidebbo.com/2011/03/using-nuget-without-committing-packages.html
Я бы предположил, что, вероятно, вы хотите сделать NuGet требованием, которое должно быть установлено на каждой рабочей станции разработчика.
Далее, вы должны поместить в систему управления исходным кодом командный файл, необходимый для подготовки рабочей станции к началу редактирования проекта. Пакетный файл будет запускать команды, необходимые для получения и установки пакетов зависимостей.
Кроме того, я бы сказал, что вы можете напрямую связаться с NuGet и спросить их, как именно это должно работать.