Терминология - это IntelliJ, а не стандарт Java. (Другие IDE используют аналогичную терминологию)
Существует не так много проектов и модулей, как вы уже поняли. Один проект, который открывается сразу, содержит несколько модулей, которые логически разбивают вашу работу. Отдельные модули могут появляться в нескольких проектах, но это может быть более запутанным, чем полезным.
У вас может быть один проект с одним модулем, который является самым простым способом запуска.
Возможно, вы захотите использовать maven, поскольку это переносимый способ управления зависимостями и построения проекта (все IDE поддерживают maven, и его можно запускать отдельно)