Вы можете объединить ревизию с указанным местоположением, но используйте флаг --record-only. Таким образом, если r3 ветвей / b1 никогда не следует объединять с транком, вы можете сделать это:
svn merge -c3 - только для записи ^ / branch / b1.
Где ваш текущий рабочий каталог - рабочая копия, указывающая на транк. Передайте это изменение, которое должно быть только изменениями svn: mergeinfo, и вы должны запретить слияние этой ревизии из / branch / b1 в /trunk.