Использовать jQuery slice:)
Демо-версия: http://jsfiddle.net/mhNra/
Удалить все дубликаты, начиная с конца
$( "a" ).each( function() {
$( "a[href=" + $( this ).attr( "href" ) + "]" ).slice( 0, -1 ).remove()
});
Удалить все дубликаты, начиная с первого якоря
$( "a" ).each( function() {
var arr = $( "a[href=" + $( this ).attr( "href" ) + "]" );
arr.slice( 1, arr.length ).remove()
});