Я не знаю о SyntaxHighlighter, но в целом тег <pre>
работает сразу, LF и CR все.Когда Syntax Highlighter делает свое преобразование, он также может учитывать эти переводы строк.Например:
<code><pre>
There will be a line before and after this
против
<code><pre>There will be no lines
Мы привыкли писать хорошо отформатированный и хорошо с отступом кодно с предварительными тегами вы должны сделать исключение.Глядя на ваш исходный код, я думаю, что вы делаете это наилучшим образом.