Очевидное решение - запустить код без изменений и не перекомпилировать в WINE.
Простое (грязное) решение состоит в том, чтобы запустить всю виртуальную машину Windows в системе Linux и развернуть приложение как виртуальный жесткий диск, но для этого потребуется лицензия Windows, и она ничем не отличается от простого подключения системы Windows к сеть Linux.
Если вам нужно переписать, wxWidgets будет более знаком для разработчика MFC, чем, возможно, Qt.
Вот статья о переносе приложений MFC в Linux, в которой рассматривается использование GTK +, Qt и wxWidgets. В нем также обсуждается, почему вы должны рассмотреть и попробовать WINE перед любым из этих вариантов. Автор рассказывает о будущих статьях на эту тему, но, похоже, ничего не написал с 2004 года.