Возможно использовать SHA1, хотя производительность не будет лучшей ...
Для чего-либо более нескольких сотен килобайт вам придется запустить несколько тестов и определить, действительно ли это жизнеспособное решение.
См. эту ссылку для хорошей реализации (passpack и довольно много проектов ОС используют ее)
Edit:
Как уже отвечали другие, на самом деле получение содержимого файла может быть совсем другим вопросом - поэтому, если вы не используете что-то вроде Google Gears или Adobe AIR, это будет практически невозможно.