Лучшая практика заключается в следующем - когда вы получаете конфликт в project.pbxproj, всегда принимайте изменения с обеих сторон.Тогда каждый, кто добавил или удалил файлы, счастлив.В 99% случаев это работает.
Если вы получаете поврежденные файлы проекта после извлечения, это означает, что кто-то не выполняет сборку перед отправкой.В этом корень вашей проблемы, кто-то не понимает, что означают конфликты и что их нужно решать.Вам нужно найти этого человека и показать ему, как разрешать конфликты в файлах.