Существует Au3Int (Интерпретатор для AutoIt) , который очень ограничен в своих возможностях, но позволяет выполнять строки кода.Бета-версия может работать с вызовами функций и многострочными операторами, но она глючная и не очень хорошая.
К сожалению, AutoIt не был разработан с учетом этого, поэтому вы будете бороться.