В конце концов, последний комментарий Амен Аяч указал мне на правильное решение
вместо создания экземпляра моего ObjectContext без параметров, мне просто нужно было передать строку подключения из моего App.config, и я смог удалить App.config
Вместо
Entities = new MyEntities();
я позвонил
Entities = new MyEntities( "metadata=res://*/Models.csdl|res://*/Models.ssdl|res://*/Models.msl;provider=System.Data.SqlClient;provider connection string=\"data source=sql-server;initial catalog=initialDatabase;integrated security=True;pooling=False;multipleactiveresultsets=True;App=EntityFramework\"" );
Visual Studio автоматически перегружает конструктор создаваемого им класса контекста, позволяя вам передать строку подключения вручную