Категории являются иерархическими, то есть они могут иметь подкатегории - если они не имеют, нет большой разницы от тегов.
Наилучшая функциональность заключается в использовании категорий и тегов для совершенно разных целей, так что каждый тег может охватывать несколько категорий. Таким образом, навигация по вашему сайту становится намного более интуитивной.