Используйте
hello: hello.c
clang -std=gnu99 -Wall -o hello hello.c -lpthread
вместо двух правил, которые у вас сейчас есть для hello и hello.o.
Однако, когда ваша программа становится больше, разделение компиляции на объектные файлы и компоновка может в какой-то момент быть быстрее, чем компиляция и компоновка всего за один раз. При использовании отдельных модулей компиляции и компоновки, которые не изменены, нет необходимости каждый раз перекомпилировать.