Вы не упомянули, какая версия TortoiseHg, но есть два «стандартных» способа сохранить URL:
1) Вручную добавьте следующие строки в ваш файл <project_dir>\.hg\hgrc
:
[paths]
default = http://server/path/to/remote/repo
2) Нажмите значок «Сохранить» в представлении TortoiseHg Sync: