Если вы просто меняете версию ASP.NET через вкладку свойств нового сайта ASP.NET, то изменения будут применены только к этому сайту.
Что вы должны убедитесь, что не пытаетесь запускать приложения ASP.NET 2.0 и ASP.NET 4.0 в одном пуле приложений. Если вы это сделаете, то вы столкнетесь с этой ошибкой:
![alt text](https://i.stack.imgur.com/BXdZe.jpg)
Вы также увидите это контрольное событие в журнале событий приложений:
Event Type: Error
Event Source: ASP.NET 2.0.50727.0
Event Category: None
Event ID: 1062
Date: 12/01/2011
Time: 12:31:43
User: N/A
Computer: KK-DEBUG
Description:
It is not possible to run two different versions of ASP.NET in the same
IIS process. Please use the IIS Administration Tool to reconfigure your
server to run the application in a separate process.
Создайте новый пул приложений для вашего нового приложения ASP.NET 4.0 (вы можете сделать это путем клонирования существующего пула):
![enter image description here](https://i.stack.imgur.com/htLrR.png)
Затем назначьте ваше новое веб-приложение ASP.NET этому пулу на страницах его свойств:
![enter image description here](https://i.stack.imgur.com/qbZug.png)