Субрепо еще существует где-то еще? Вы можете изменить указатель на него, используя раздел [subpaths], который предоставляет слой перевода поверх местоположений в .hgsub.
Если его на самом деле нигде не существует, вы можете использовать некоторую глубокую магию, такую как:
hg debugsetparent REVISION_YOU_WANT
cat /dev/null > .hgsub # put an empty .hgsub in place
hg commit .hgsub
hg update tip
Это должно создать новую ревизию, которая похожа на REVISION_YOU_WANT, за исключением того, что у нее есть пустой файл .hgsub, так что вы можете обновиться до него.
Было бы намного лучше, если бы вы могли найти подпункт в каком-то новом месте и указать на него подпути.