Создайте сессионный компонент с сохранением состояния, который реализует javax.ejb.SessionSynchronization, и вызовите метод из транзакции. Метод afterCompletion будет вызываться с результатом транзакции.
Обновление: если вы используете EJB 3.1, вы можете аннотировать метод SFSB с помощью @AfterCompletion вместо реализации интерфейса.