Если вы зайдете в окно своего проекта и выберете файл, вы можете получить информацию о нем с помощью команды i или щелчка правой кнопкой мыши.Затем перейдите на вкладку сборки, где вы можете ввести дополнительные флаги компиляции для этого конкретного файла.
Я нахожусь на xcode 3.x, но я не думаю, что они уберут это.Замечу, что это только для дополнительных флагов компилятора.Если вам нужно удалить некоторые из ваших флагов по умолчанию, единственный вариант, о котором я могу подумать, немного затруднителен: создайте новую цель, настроенную с опциями сборки только для этого файла, и включите эту цель в основную цель.*