Вы можете просто визуализировать исходные данные в виде точечной диаграммы за коробочной диаграммой, а затем скрыть листовки коробочной диаграммы.
import pylab
import numpy
pylab.figure()
data = [numpy.random.normal(i, size=50) for i in xrange(5)]
for x, y in enumerate(data):
pylab.scatter([x + 1 for i in xrange(50)], y, alpha=0.5, edgecolors='r', marker='+')
bp = pylab.boxplot(data)
pylab.setp(bp['boxes'], color='black')
pylab.setp(bp['whiskers'], color='black')
pylab.setp(bp['fliers'], marker='None')
pylab.xlim(0,6)
pylab.show()