Для R вы можете сделать install.packages ("foo", lib = "~ / R /") - сначала создайте каталог ~ / R /, а затем пакеты будут установлены там. Затем выполните библиотеку (foo, lib = "~ / R /"), чтобы загрузить ее.
Вы можете использовать функцию .libPaths в ваших файлах запуска R, чтобы добавить это автоматически. Большинство коробок Ubuntu, которые я использовал, по умолчанию настроены примерно так. Если обычный пользователь пытается установить пакет, он попадает в их библиотеку ~ / R /, если root пытается это сделать, он входит в библиотеку сайта для всех.
Поскольку в общем случае нет смысла создавать резервные копии этих установленных пакетов, я склонен помещать свою библиотеку ~ / R / в незарезервированную часть моей файловой системы.
[Обратите внимание на правильное использование 'библиотеки' здесь - в R-Speak библиотека - это место, где установлены пакеты]