Я работаю над этим, добавляя Maven Projects в свое окно (вкладка Maven Projects -> (+) Add Maven Project). Мои проекты ничего не делят, у них есть свои модули и свои артефакты. При редактировании конфигурации для моего jboss, нажав Deployment -> Add, все веб-модули из всех моих проектов отображаются, и я могу добавить их один за другим. Надеюсь, вы можете сделать то же самое.