Эти значения будут использоваться catalina.sh, например,
"$_RUNJAVA" "$LOGGING_CONFIG" $JAVA_OPTS $CATALINA_OPTS \
-Djava.endorsed.dirs="$JAVA_ENDORSED_DIRS" -classpath "$CLASSPATH" \
-Dcatalina.base="$CATALINA_BASE" \
-Dcatalina.home="$CATALINA_HOME" \
-Djava.io.tmpdir="$CATALINA_TMPDIR" \
org.apache.catalina.startup.Bootstrap "$@" start \
>> "$CATALINA_OUT" 2>&1 &
Так что если вы экспортируете эту переменную, а затем запустите Tomcat в той же консоли (например, с помощью «запуска catalina» или «запуска»),JVM будет создана с этими параметрами.