( Расширен для потомков )
Ваша проблема может быть разделена на две части: возврат измененных файлов в их состояние при последнем коммите и удаление любых дополнительных файлов, которые не принадлежатрепозиторий:
git reset --hard HEAD
вернет ваши файлы в состояние, в котором они находятся в HEAD, удалив любые модификации (даже если они были подготовлены к выполнению)
git clean -f -d -x
удалит все неотслеживаемыефайлы или каталоги, включая игнорируемые файлы (благодаря @Jefromi)